自然灾害对药市行情的影响是不可估量的，也是不可预测的。自然灾害主要有：干旱、洪涝、台风、冰冻低温以及倒春寒。一旦药材遭遇这些灾害，就会有商机出现。历史上曾经因自然灾害而涨大价的药材举不胜举，三七、党参、当归、白术、八角、白胡椒、栀子、金樱子、海金沙、山萸肉、佛手、覆盆子、连翘、苦杏仁、山桃仁、酸枣仁、柏子仁、枳壳、枳实、槐米等。
因干旱减产而涨价的药材
近几年受干旱减产的药材不少，最具有代表的品种应三七莫属。 2009年秋季，我国西南大部分地区发生严重旱灾，云南省发生了60年一遇的罕见干旱，多年低价的三七乘势而起，从2009年的65元（120头）起步，一路飞奔上扬，到2013年7月高升至800元以上，成为药市中的一面旗帜。
因干旱减产而涨价的药材还有：党参，2013年中条价格涨到了120元以上，在涨价之前的2011年初价格还在38元上下徘徊；2007年当归也因干旱从上一年的11元飙升至65元左右；蛇床子也因多年干旱减产，结束多年十几元的低价行情，在2015年底涨到45元价格。2014年青翘坐果期间因长期干旱少雨，导致挂果率下降，产新后商家发现了减产，从而聚集较大的人气，价格也大幅上涨，从产新前的40元左右，一路高歌猛进，到2015年春价格高升至70元以上。近几年受干旱减产涨价的品种很多，如：麦冬、白芷、丹参等，只是有的涨幅大小不同而已。
受洪涝灾害减产涨价的药材
洪涝灾害对果实类药材的影响主要是坐果期间得不到阳光，坐果率降低。如：近几年因减产而涨价的枳壳，枳实等。最怕涝灾的莫过于白术，在生长中后期，如遇几场大雨，白术必遭灭顶之灾。2007年7月亳州产区白术因连遇几场大暴雨，短时间内行情升温，价格急剧暴涨，从37-38元高升至56元左右，最高价喊到60元。
低温冻害减产涨价的药材
历史上遭遇低温冻害涨价的药材也不少， 2000年广西产区遭遇低温冻害，八角价格暴涨至90元以上。2016年草果遭遇低温冻害减产，从50元价格步步高升至110元以上，遭遇低温冻害而涨价的药材还有屡涨屡落的佛手。
受倒春寒天气减产涨价的药材
倒春寒，是指初春（一般指3月）气温回升较快，而在春季后期（一般指4月或5月）气温较正常年份偏低的天气现象。长期阴雨天气或频繁的冷空气侵袭，抑或持续冷高压控制下晴朗夜晚的强辐射冷却易造成倒春寒，严重的倒春寒可以对果实类植物造成致命危害。
易受倒春寒天气影响的药材有连翘、苦杏仁、山桃仁、柏子仁、覆盆子等果实类药材。历史上多次受倒春寒天气而涨价的品种当数连翘，有行情记载的年份有2001年、2003年、2006年、2010年，2013年。每次发生倒春寒天气，都是点燃连翘价格上涨的导火索，而且一次比一次价格涨的高。
虽然赌自然灾害有风险，但是，一旦发生就会有大的商机出现。如果赌赢了就大赚一笔，输了可能空喜一场，但也不至于赔的倾家荡产，只要买的价位不高。2017年的药市行情仍不会风平浪静，自然灾害随时会触动涨价的扳机。
